Добрый день!
Отвечу по пунктам:
1) Штатный иммобилайзер VAG достаточно надежен, нежели, скажем, на корейских и японских авто. Но в любом случае он не имеет противоразбойной функции, т.е. если Вы лишились ключей, то машина уедет.
2) Да, штатный иммобилайзер будет отключен. Если кратко, то смысл таков: есть обходчик, в него кладется чип, при этом питание на чип подается только при команде (например) с брелока на запуск, а в любой другой момент обходчик без питания и чип из него НЕ считывается. Таким образом, если просто вставить ключ от машины в замок зажигания и запустить двигатель, то чип будет считываться именно из ключа, а не из обходчика.
3) Цз можно будет открывать как брелком сигнализации, так и штатным ключом, но при открытии цз (двери после открытия цз) штатным ключом в случае, когда нештатная сигнализация будет в режиме "охрана", эта нештатная сигнализация перейдет в режим "тревога".
4)После установки в надежном установочном центре никаких проблем возникнуть не может.